生物反應器有很多種類型。根據(jù)用途，它們具有多種形狀，從使用酶來獲取目標物質的經典例子，到培養(yǎng)細胞或微生物來生產目標物質的例子。用于生物制藥生產的細胞培養(yǎng)和細菌培養(yǎng)設備有時被稱為生物反應器。

液體生物反應器是最常見的，其中原料是液體形式。另一方面，在曲霉和酶工業(yè)中，由于原料是固體的，所以使用固體生物反應器。此外，利用植物細胞、藻類、光合細菌等進行光合作用的反應要素，設計用于供給光的光合生物反應器也已被開發(fā)并投入使用。

工業(yè)生物反應器相對較大，而分析生物反應器相對較小。具體來說，微生物反應器的目的是檢測反應產物而不回收它們，并且已經開發(fā)出能夠分析幾毫升到幾微升液體的模型。